Donatello en a assez de se battre contre les Kraang armé de son simple bô. Il se lance dans la fabrication d'une nouvelle arme avec les restes d'un robot et invente Tête d'Acier, un robot-ninja téléguidé. Lorsqu'ils apprennent que les Kraang projettent de déverser du mutagène dans les réserves de l'eau de la ville, les quatres frères se préparent à les arrêter...